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微生物16S測序
產品介紹
16S rDNA是細菌分類學研究中最常用的“分子鐘”，其序列包含9個可變區（Variable region）和10個保守區（constant region）?？勺儏^因細菌而異，且變異程度與細菌的系統發育密切相關。通過檢測16S rDNA的序列變異和豐度，可以了解環境樣品中群落多樣性信息?；?6S rDNA的分析在微生物分類鑒定、微生態研究等方面起到重要作用。
18S rDNA或ITS（Internal Transcribed Spacer）被廣泛應用在真菌分類鑒定中。18S rDNA在系統發育研究中較適用于種級以上階元的分類；ITS屬于中度保守區域，利用它可研究種及種以下的分類階元。
研究內容
16S/18S/ITS擴增子測序即通過提取環境樣品的DNA，選擇合適的通用引物擴增16S/18S/ITS的某一或某幾個區，使用Illumina測序將目的區域正反向讀通，通過檢測目的區域的序列變異和豐度，對環境樣本物種分類及，豐度，種群結構，系統進化，群落比較等方面信息進行分析的研究方法。
產品優勢
策略多樣：不同來源樣本采用不同提取方法和建庫測序策略，滿足多種環境研究需求
平臺多樣：MiSeq/HiSeq2500/HiSeq4000/PacBio等多種平臺可供選擇，可滿足16S/18S/ITS不同高變區域或全長測序的需求。
經驗豐富：已分析樣品類型涉及糞便、土壤、水體、唾液、牙菌斑、血液、皮屑等。
動物領域：腸道、瘤胃（如產甲烷菌類群）與動物健康/營養消化研究等；
農業領域：根際微生物與植物互作、農業耕作/施肥處理與土壤微生物群落等；
環境領域：霧霾處理、污水治理、石油降解、酸性礦水處理及海洋環境等；
特殊極端環境：極端環境條件下的微生物類群研究，如冰川、火山等。
樣品檢測：使用Qubit對樣品濃度進行精確定量，檢測合格的樣品進行文庫構建。
PCR體系構建：取30ng DNA樣品及融合引物配置PCR反應體系。
PCR擴增：設置PCR反應參數進行PCR擴增。
產物純化：使用Agencourt AMPure XP磁珠進行純化并溶于Elution Buffer，貼上標簽，至此文庫構建完成。
文庫質量檢測：文庫檢測使用Agilent 2100 Bioanalyzer檢測文庫的片段范圍及濃度。
上機測序：文庫檢測合格，上機測序
*注：只有兩端完全測通的Reads (Tags)才能用于進一步的分析，因此不同的擴增區域請嚴格遵循對應的測序類型。
產品介紹
16S rDNA是細菌分類學研究中最常用的“分子鐘”，其序列包含9個可變區（Variable region）和10個保守區（constant region）?？勺儏^因細菌而異，且變異程度與細菌的系統發育密切相關。通過檢測16S rDNA的序列變異和豐度，可以了解環境樣品中群落多樣性信息?；?6S rDNA的分析在微生物分類鑒定、微生態研究等方面起到重要作用。
18S rDNA或ITS（Internal Transcribed Spacer）被廣泛應用在真菌分類鑒定中。18S rDNA在系統發育研究中較適用于種級以上階元的分類；ITS屬于中度保守區域，利用它可研究種及種以下的分類階元。
研究內容
16S/18S/ITS擴增子測序即通過提取環境樣品的DNA，選擇合適的通用引物擴增16S/18S/ITS的某一或某幾個區，使用Illumina測序將目的區域正反向讀通，通過檢測目的區域的序列變異和豐度，對環境樣本物種分類及，豐度，種群結構，系統進化，群落比較等方面信息進行分析的研究方法。
產品優勢
策略多樣：不同來源樣本采用不同提取方法和建庫測序策略，滿足多種環境研究需求
平臺多樣：MiSeq/HiSeq2500/HiSeq4000/PacBio等多種平臺可供選擇，可滿足16S/18S/ITS不同高變區域或全長測序的需求。
經驗豐富：已分析樣品類型涉及糞便、土壤、水體、唾液、牙菌斑、血液、皮屑等。
應用范圍
醫學領域：人體微生物與人體健康/疾病的關系，人體微生物對疾病干預過程的影響；動物領域：腸道、瘤胃（如產甲烷菌類群）與動物健康/營養消化研究等；
農業領域：根際微生物與植物互作、農業耕作/施肥處理與土壤微生物群落等；
環境領域：霧霾處理、污水治理、石油降解、酸性礦水處理及海洋環境等；
特殊極端環境：極端環境條件下的微生物類群研究，如冰川、火山等。
建庫流程
16S/18S/ITS擴增子建庫推薦融合引物建庫方法，即提前合成融合了目標序列引物和上機接頭、index等序列的引物，通過一步PCR擴增直接完成建庫。主要步驟如下：樣品檢測：使用Qubit對樣品濃度進行精確定量，檢測合格的樣品進行文庫構建。
PCR體系構建：取30ng DNA樣品及融合引物配置PCR反應體系。
PCR擴增：設置PCR反應參數進行PCR擴增。
產物純化：使用Agencourt AMPure XP磁珠進行純化并溶于Elution Buffer，貼上標簽，至此文庫構建完成。
文庫質量檢測：文庫檢測使用Agilent 2100 Bioanalyzer檢測文庫的片段范圍及濃度。
上機測序：文庫檢測合格，上機測序
測序策略
| 擴增區域 | 引物名稱 | 引物對 | 測序類型* | |
| 細菌 | V4 | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | PE250 |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V1-V3 | 8F | AGAGTTTGATYMTGGCTCAG | PE300 | |
| 518R | ATTACCGCGGCTGCTGG | |||
| V3-V4 | 341F | ACTCCTACGGGAGGCAGCAG | PE300 | |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V4-V5 | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGG | PE300 | |
| 907R | CCGTCAATTCMTTTRAGT | |||
| 真菌 | ITS1 | its1 | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | PE250 |
| its2 | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | its3 | GCATCGATGAAGAACGCAGC | PE300 | |
| its4 | TCCTCCGCTTATTGATATGC |
*注：只有兩端完全測通的Reads (Tags)才能用于進一步的分析，因此不同的擴增區域請嚴格遵循對應的測序類型。
生物信息分析
下機數據經過數據過濾，濾除低質量的reads，剩余高質量的Clean data方可用于后期分析；通過reads之間的Overlap關系將reads拼接成Tags；在給定的相似度下將Tags聚成OTU，然后通過OTU與數據庫比對，對OTU進行物種注釋；基于OTU和物種注釋結果進行樣品物種復雜度分析以及組間物種差異分析。| 信息分析條款 | 信息分析內容 |
| 數據處理 |
· 數據過濾 · Reads拼接 · OUT聚類與注釋 |
| 基于OUT的分析 |
· Rank Abundance · PCA分析 · Venn圖 · Alpha多樣性分析 · 稀釋曲線、Chao曲線、Ace曲線、Shannon曲線、Simpson曲線 · 組間樣品Alpha指數盒形圖及差異檢驗 · 基于OUT豐度beta多樣性分析 · Beta多樣性熱圖 · PCoA · 樣品聚類樹 · CCA分析（需提供詳細的環境因子數據） |
| 基于物種的分析 |
· 物種注釋柱形圖 · 物種豐度熱圖 · 物種系統發育進化樹 · 基于物種系統進化的(Un）weighted_UniFrac分析 1. Beta多樣性熱圖 2. PcoA 3. 樣品聚類樹 · 組間物種比較分析（Metastats） |
| LEFSE分析 | · LEfSe組間群落差異分析 |
| 定制化信息分析 |
· 16S測序樣品功能預測（PICRUSt） · 物種間相關系數網絡圖分析 · 可結合客戶的需求，協商確定定制化信息分析內容。 |
